Das Zahlungssystem muss die Zahlungen, die das Kreditgeschäft betreffen, an das FlexFinance Kreditnebenbuch weiterleiten, sobald diese eintreffen. Die Zahlungseingänge werden durch die Kontoführung geprüft und auf die Forderungen aufgeteilt.

Darüber hinaus werden Sonderfälle wie die Überzahlung und Unterzahlung erkannt und spezifisch verarbeitet.